این واحد علاوه بر گروه های آموزشی خارج از بیمارستان با گروه های بالینی زیر که مستقر در بیمارستان افضلی پور می باشند، در حال همکاری می باشد:

1. گروه بیماریهای داخلی ( شامل زیر گروه های گوارشی، روماتولوژی، نفرولوژی، غدد، عفونی، آلرژی و ریه، خون و انکولوژی)
2. گروه جراحی ( شامل زیر گروه های جراحی توراکس، اطفال، کولورکتال، عروق، اورولوژی)
3. گروه زنان ( شامل زیر گروه های ناباروری، انکولوژی، پری ناتال)
4. گروه اطفال ( شامل زیر گروه های نوزادان، غدد، نفرولوژی، آلرژی و ریه، انکولوژی، گوارش، عفونی )
5. گروه پاتولوژی
6. گروه بیماری های قلب و عروق
7. گروه پوست (شامل زیر گروه نوزادان)
8. گروه رادیولوژی
9. گروه بیهوشی
10. گروه طب اورژانس

رابط اصلی بین هر گروه و واحد توسعه تحقیقات بالینی، معاون محترم پژوهشی گروه مربوطه است.